La tradición oral mantiene la leyenda de que los binnigula’sa, son la gente más antigua y antecesores de los binnizá. A las figurillas que aparecen en las excavaciones, al arar la tierra o cuando llueve, se les llama precisamente binnigula’sa, y es la prueba ancestral que dejaron estos habitantes como evidencia de su asentamiento en las tierras del Istmo. Esta leyenda da razón del origen de los zapotecos.
Antes de la llegada de los españoles, esta región era parte de la ruta que utilizaban los aztecas o mexicas para ir a Centroamérica, por lo que éstos trataron de imponer su dominio comercial y militar, lo que ocasionó muchas guerras. Finalmente se llegó a una alianza zapoteca-mexica mediante el matrimonio de la hija de Ahuizotl y Cosijoesa, señor de los zapotecos. A la llegada de los españoles había dos reinos zapotecas: Zaachila, gobernado por Cosijoesa, y Tehuantepec, gobernado por su hijo Cosojopii. Influidos por la leyenda del regreso de Quetzalcóatl, los zapotecos recibieron con beneplácito a los conquistadores, quienes no tardaron en despojarlos de su territorio. Hacia 1660 se produjo una rebelión en Tehuantepec contra el dominio español, que fue sofocada al año siguiente.
En 1823, dos años después de firmada la Independencia, el Congreso Federal decretó la creación de la Provincia del Istmo conformada por Acayucan y Tehuantepec, estableciendo en este último la capital. Las tierras y salinas, que seguían siendo comunales en la costa del Istmo, muy pronto produjeron nuevos conflictos entre los criollos triunfadores, que las querían para su beneficio, y los indígenas, quienes creyeron que serían suyas. En vista de que los derechos indígenas tampoco serían respetados, muy pronto apareció un movimiento encabezado por José Gregorio Meléndez para hacerlo territorio libre, lo cual se lograría hasta 1853, año en que este líder muere envenenado. El Istmo de Tehuantepec vuelve a ser parte del estado de Oaxaca en 1856, al quedar anulado el acuerdo que lo consideraba como territorio federal.
En 1911 fue electo gobernador Benito Juárez Maza. En noviembre de ese año José F. Gómez se levantó en protesta por la designación del jefe político de Juchitán. Intentando viajar a México para dialogar con Madero, Che Gómez es asesinado por órdenes del gobernador, quien entra a Juchitán a pacificar el levantamiento.
La pacificación lograda por Juárez se convirtió muy pronto en una serie de nuevos brotes de rebelión por todo el Istmo. Al golpe de Huerta se ofrece amnistía a los chegomistas que se exiliaron en la ciudad de México y de ahí al estado de Morelos para combatir a Zapata.