Las jefaturas zoques anteriores a la llegada de los españoles seguían el patrón de relación dominante, en el que las más débiles eran tributarias de las más fuertes. El área de expansión de los zoques en la época precolombina, comprendió la costa de Chiapas hasta Guatemala, el Istmo de Tehuantepec, el sur de Veracruz, el suroeste de Tabasco y el centro noroccidental de Chiapas. Posteriormente, incursiones de grupos mayas, zapotecos y chiapanecos redujeron su territorio y los sometieron al pago de tributo. Hacia 1484 los aztecas consolidaron la conquista de Chiapas, razón por la cual los zoques del centro y del occidente del estado empezaron a pagarles tributo. La llegada de los conquistadores españoles en el siglo XVI redujo aún más el territorio zoque y aumentó el monto de sus tributos.
La capital de una de las principales tribus zoques era Quechula, actualmente bajo las aguas de la presa de Malpaso.
La casta guerrera tuvo como capital a Janepaguay en los valles de Ocozocuautla. En el desaparecido municipio de Francisco León (debido a la erupción del volcán Chichonal) se encuentran las ruinas de Gualeguas, antigua ciudad zoque. Otra jefatura zoque se asentó en el actual Cunduacán, Tabasco.
Los zoques que poseían las tierras más codiciadas, como los que habitaban en la depresión central, cercana a Tuxtla Gutiérrez y en los valles occidentales, adoptaron rápidamente el castellano y los valores y costumbres del grupo dominante. La Corona española sometió a los zoques a los trabajos más pesados y los concentró en aldeas. Por el trabajo forzado y las enfermedades recién adquiridas, los zoques disminuyeron drásticamente en número.
En la depresión central, los españoles se dedicaron principalmente a la cría de ganado y al comercio de cochinilla, algodón, azúcar y cuero, dejando a los zoques el trabajo agrícola y las actividades tradicionales, como el tejido de mantas, en el cual alcanzaron gran perfección. Los malos tratos y el trabajo forzado originaron descontento entre la población, dando origen a incidentes de rebelión que fueron sofocados por las tropas de los colonizadores.
La Independencia significó para la población zoque un nuevo periodo de explotación y trabajo forzado, al servicio de nuevos amos, mestizos y laicos. Durante el siglo XIX se promulgaron leyes que favorecieron la concentración de la tierra en pocas manos, formándose así una clase de grandes propietarios agrarios en la región que mantuvieron a los indios en condiciones de servidumbre en las grandes haciendas.
A partir del reparto agrario iniciado después de la Revolución mexicana, los zoques entraron en un proceso de “integración” a la cultura nacional.