A través de la historia oral, los amuzgos aseguran que provienen del mar, de algunas islas o, como ellos las llaman, “las tierras de en medio”: ndyuaa xenncue. Desde ellas llegaron a la costa donde ahora están los límites de Guerrero y Oaxaca.
Este territorio costeño fue abandonado poco a poco por los amuzgos debido a la expansión del pueblo mixteco antes de la Conquista y después de la llegada de los españoles y los afrodescendientes con la encomienda. Su nuevo territorio lo establecieron en la zona que ocupan actualmente en la sierra.
Como consecuencia de la explotación de los españoles, los amuzgos se resguardaron en los lugares más apartados de la Sierra Madre del Sur; sin embargo, mediante la evangelización, se restablecieron nuevos nexos entre indígenas y españoles. En 1563, se nombró a Xochistlahuaca cabecera administrativa y religiosa, con este nombramiento, se reconoció el poder local que tuvo durante el Imperio mexica. Durante la Colonia este fue el centro religioso más importante de la región. En Xochistlahuaca hubo un decremento de su población muy drástico, ya que se estima que en 1522 habitaban la región unas 20 mil personas, mientras que en 1582 su población se redujo a 200 habitantes, aproximadamente.
Mediante el control político, administrativo y económico, los españoles fueron despojando a los amuzgos de sus tierras. Los grandes latifundios que se formaron durante la Colonia se convirtieron en haciendas durante el periodo de la Revolución mexicana, hasta que en 1920 se inició la lucha por recuperar las tierras, que se restituyeron como ejido el 25 de agosto de 1933. El total de tierras entregadas fue de 6 384 hectáreas.