Ayapa es una comunidad que a lo largo de los siglos ha subsistido en un entorno habitado por pueblos nahuas y chontales y por grupos diversos de población no indígena, que comprende inmigrantes de diferentes países.
Los datos arqueológicos indican que la región de Ayapa estaba habitada desde tiempos prehispánicos, y durante siglos se desarrolló con grupos de diferente filiación etnolingüística.
Desde la llegada de los españoles, en el siglo XVI, ya existían diferentes poblados zoques en la región. Por entonces, todos los pueblos de habla zoque se encontraban bajo el control político de los cimatanes, con quienes mantenían una comunicación permanente. Esta situación de dominio no sòlo incluía a los pueblos de la sierra (Teapa y Tacotalpa), sino también a los zoques de Ayapa. Antes del colapso generado por la Conquista, Ayapa formaba parte de una región altamente poblada en la que existía una densa movilidad humana, política y comercial. Finalmente, los españoles por medio de la encomienda consolidaron el poblamiento, la pacificación, el control de los pueblos y la evangelización.
Después de siglos de colonización, en el siglo XX, Ayapa se convirtió en el único pueblo zoque de la planicie costera de Tabasco.
El pueblo ayapaneco ha sufrido los embates de la castellanización y la aculturación. Según datos aportados por el INEGI en el censo del año 2010, de un total de 57 personas registradas en hogares indígenas sólo 21 eran hablantes del ayapaneco.