La religión chatina, asumida como católica, contiene rasgos animistas de origen prehispánico, sincretizados con elementos de la religión católica; Dios, la virgen, Jesucristo, la cruz y los santos, así como ciertos festejos, han sido incorporados a la vida religiosa del pueblo chatino. No obstante, con el mismo fervor que en tiempos pasados, se siguen celebrando las ceremonias de petición y agradecimiento por las lluvias y buenas cosechas, así como los ritos de paso, desde los vinculados al nacimiento hasta los funerarios.
Así, las ceremonias y rituales chatinos actuales mantienen un estrecho vínculo con los astros, principalmente al Sol y la Tierra, pero también con los cerros más altos, con las ciénagas, los árboles más viejos y los ríos, todos ellos integrados en su visión cósmica del universo donde la subsistencia del ser humano depende de todos ellos.
En su cosmovisión es fundamental la vinculación de lo social, lo divino y la naturaleza, los tres aspectos esenciales que determinan la armonía del universo. Así, a través de su religión se integra al individuo con su grupo familiar y comunitario, se rigen las relaciones del hombre con su medio de sustento y se establecen las normas de conducta personal y colectiva. Sus divinidades están representadas por astros y fenómenos naturales. Sobresalen Ho’o Kwicha o Jo’o Kucha, el santo padre Sol, identificado con el Dios católico, el Ser supremo que da la vida, y Ma’ Kusú, la santa madre tierra o santa abuela, que representa la fertilidad y a su vez simboliza la muerte. Son igualmente venerados Hoo Ko’, la santa madre Luna; Kla ‘kty, la diosa del agua; Ho ‘o ti ‘yu, el dios de la lluvia; Jo’ó ycua’ las santas ciénagas; Ho’ Kwi’i, el dios del viento; Ho’o ki, el santo fuego o santa lumbre; y Ho’o ki’ya, el dios de la montaña. Por otra parte, también se consideran sagrados algunos manantiales, cerros, grutas y rocas a las que rinden culto, como la gruta del cerro Neblina y el cerro Concha, concebidos puertas de entrada al inframundo, donde moran las almas de los muertos.
A lo largo de los años algunas sectas protestantes se han instalado entre los chatinos, lo que ha generado conflictos al interior de algunas comunidades.