En 1850, algunos kickapoo, mascogos y seminoles cruzan el río Bravo y solicitan al gobierno mexicano permiso para vivir en territorio mexicano, a cambio de comprometerse a defender la frontera norte de los ataques de los indios comanches y apaches. Inicialmente se les ubica en un sitio conocido como La Navaja, de donde piden ser reubicados a El Nacimiento debido a las malas condiciones para la agricultura en el primero de estos sitios, petición que también es aceptada. En 1856 se rompe la alianza entre los kickapoo, seminoles y mascogos, por lo que cada grupo exigió un territorio propio.
Los Kickapoo defendieron tenazmente la frontera mexicana, por lo cual el gobierno de Estados Unidos les ofreció trasladarlos a una reserva norteamericana, ofrecimiento que ellos rechazaron. En 1873, soldados norteamericanos atacaron el pueblo de El Remolino, Coahuila, mientras los hombres se encontraban de cacería. Asesinaron a 16 personas y capturaron a otras 39, entre los que se contaban mujeres, niños y ancianos, quienes fueron trasladados a Estados Unidos. El gobierno mexicano interpuso reclamaciones diplomáticas y ofreció el regreso voluntario de los kickapoo a Estados Unidos a cambio de que les regresaran a sus mujeres e hijos. Ese mismo año, 500 kickapoo se dirigieron a la reservación de Kansas; de éstos, cerca de 90 decidieron quedarse en México. Este grupo fue trasladado a Saltillo, de ahí se dirigieron a Durango y, en 1874, 22 familias regresaron a repoblar El Nacimiento y continuar defendiendo la frontera.
En 1883 se creó oficialmente la reservación kikapú en Oklahoma, Estados Unidos; en 1890, el congreso de ese país acordó entregar a cada quien que se integrara a ella 80 acres de tierra, oferta que no fue aceptada por el grupo mexicano. En 1899, los Kickapoo de México y Estados Unidos protestaron ante Porfirio Díaz y lograron que él les entregara los títulos de propiedad de El Nacimiento. En el primer lustro del siglo XX, 200 integrantes de este pueblo se trasladaron de El Nacimiento a Tamichopa, municipio de Baserac, Sonora; poco después, un grupo procedente de Oklahoma también se fue a vivir ahí. Actualmente viven en el lugar alrededor de 130 kickapoo.
Al disminuir los combates en la frontera, los kickapoo se dedicaron a la agricultura y a la caza. Pero volvieron a usar las armas durante la Revolución mexicana en las filas del maderismo y, posteriormente, en las del constitucionalismo. El presidente Venustiano Carranza emitió un acuerdo el 25 de octubre de 1919 mediante el cual cedía terrenos nacionales a este pueblo por una extensión de 7 022 hectáreas. En 1937, el presidente Lázaro Cárdenas les dio en dotación un ejido de 4 800 hectáreas para la cría de ganado, y ratificó las 7 022 hectáreas de El Nacimiento; les entregó semillas, herramientas y troncos mulares para el cultivo de maíz y su derecho consuetudinario a la cacería del venado para su uso ceremonial.