Numerosos pueblos nómadas y semi-nómadas conocidos como guachichiles, guamares, guaxavanes, copuces, cocas, tecueces y sánzas, habitaron una región conocida como la gran chichimeca, ubicada en el norte y noreste del país en los actuales estados de Durango, Coahuila, Jalisco, Zacatecas, San Luis Potosí, Guanajuato y Querétaro. Los actuales chichimecas son descendientes de los guerreros chichimecas que habitaron en la zona que hoy corresponde a Guanajuato antes de la llegada de los españoles y que durante el siglo XVI protagonizaron la gran guerra chichimeca en defensa de su territorio frente a los colonizadores. Aunque el origen de los chichimecas se desconoce con exactitud, hay investigadores que los emparentan con el pueblo pame.
Por el hecho de ser unos auténticos guerreros, el Pueblo chichimeca no se doblegó fácilmente ante los españoles y durante el Virreinato los sucesivos gobiernos intentaron la pacificación de la Gran Chichimeca, ya fuera por la violencia o implementando estrategias que llevaban a cabo las órdenes religiosas o bien, mediante la inmigración forzada de población indígena desde otros lados del territorio virreinal para crear pueblos defensivos en el área chichimeca. Después de medio siglo de guerra, los españoles adoptaron otro tipo de medidas para someter a esta población, como fue la paz por compra; esto consistía en que ellos aceptaban que se bautizara a los niños indígenas a cambio de provisiones.
La conquista de esta zona se basó también en el exterminio abierto de la población o el reclutamiento de indígenas para las escuelas religiosas del Virreinato; la región era atendida por órdenes religiosas de franciscanos, jesuitas, agustinos y dominicos.
Los éza´r recuerdan la labor en las minas como su trabajo asalariado más antiguo. Entre 1890 y 1892 tuvieron gran auge los minerales de Pozos y Santa Brígida, que llegaron a concentrar a 50 mil personas. Sin embargo, la crisis minera acabó con esta opción económica ya que la explotación se suspendió entre 1920 y 1925 por lo que la comunidad solicitó la dotación ejidal en 1923.
Hacia el año 2000, se suscitó un conflicto de tierras entre los chichimecas. El conflicto se originó luego de que las autoridades de la comunidad solicitaran el reconocimiento jurídico del territorio en el que se encuentran asentados los chichimecas desde hace siglos. Con el apoyo de las instituciones gubernamentales competentes, la solicitud fue promovida a las autoridades del municipio, a las del estado y a las de la federación. La respuesta llegó dos años más tarde, el 11 de octubre del 2002, fecha en la que el gobierno federal, a través del Tribunal Unitario Agrario de Guanajuato, le reconoció a la comunidad de Misión de Chichimecas 546 hectáreas de tierra como comunidad agraria; de inmediato se formó el grupo de comuneros y se nombró a los integrantes del Comisariado de Bienes Comunales y del Consejo de Vigilancia.
Sin embargo, el dictamen del Tribunal a favor de la comunidad indígena generó el descontento de un grupo de personas que, sin prueba alguna, se ostentaban como dueñas de 61 hectáreas de tierra que habían pasado a ser de uso común cuando el Tribunal Unitario Agrario dictó la sentencia de reconocimiento. A partir del reclamo de estas 61 hectáreas la situación fue tornándose cada vez más difícil en los siguientes años hasta generar la división interna de la comunidad.