Según relatos locales, hacia el año 1100 el rey Quiana fundó un gran señorío en la Chinantla; algunos conflictos internos dividieron a la población y se establecieron los señoríos de la Chinantla Baja y la Chinantla Pichinche, con sede en Yolox en tierras altas; 300 años después esta última se dividió y parte de su población se desplazó a Usila, y estableció ahí otro señorío. Alrededor de 1455, los mexicas se establecieron en Tochtepec (Tuxtepec) y desde allí dominaron a chinantecos, mazatecos, cuicatecos y popolocas. Los chinantecos conservaron su forma de gobierno y religión. Al llegar los conquistadores españoles se establecieron en Tuxtepec; los chinantecos se les aliaron para acabar con el dominio azteca. Pero hacia 1530, los chinantecos de Usila se levantaron contra los conquistadores.
Por su cercanía con Veracruz y debido a la calidad de sus tierras, esta región se convirtió en una de las zonas agrícolas más importantes de la Nueva España. El obstáculo del idioma dificultó la conquista espiritual de los nativos. Los españoles terminaron por imponer el cultivo de café, plátano y tabaco.
Durante el Porfiriato algunos poblados no indígenas de la región fueron dotados con servicios; la alianza entre los grupos regionales hegemónicos y la dictadura afectaron las regiones indígenas. Hacia 1910, en las haciendas amparadas por las Leyes de Reforma se cultivaba tabaco, cacao y café. En Valle Nacional se establecieron muchos extranjeros atraídos por las facilidades para adquirir tierras. Las plantaciones se convirtieron en campos de trabajo forzado como castigo para los rebeldes y enemigos políticos del régimen.
Durante las décadas de 1920 y 1930, la Chinantla Baja recibió un fuerte impulso económico agrícola para cultivar tabaco y plátano. La Standard Fruit y la United Fruit establecieron su dominio en la zona y los chinantecos se convirtieron en peones en su propio territorio. En 1941, la Reforma Agraria redistribuyó las tierras y las compañías extranjeras tuvieron que abandonar la zona. El cultivo del tabaco y del plátano quedó en manos de pequeños y medianos propietarios; no obstante, la comercialización continúa en manos extranjeras o mestizas.
De 1940 a 1970, diversos proyectos de desarrollo regional, que consistieron en la construcción de presas destinadas a producir electricidad, afectaron a la Chinantla Baja. Entre 1949 y 1955 se construyó la presa Miguel Alemán, que también perjudicó a comunidades mazatecas. En 1972 se inició la edificación de la presa Cerro de Oro, que inundó más de 26 mil hectáreas fértiles, en que 300 familias chinantecas fueron reubicadas en otras zonas de Oaxaca y en el sureste de Veracruz. Su reacomodo significó un proceso de dispersión de las antiguas comunidades y la consiguiente desintegración de extensas redes de parentesco, y la pérdida del hábitat tradicional conllevó una transformación de su cultura nativa.