La zona donde habitan es sumamente accidentada y está conformada por parte de las sierras de Teposcolula y Tamazulapa, las cuales constituyen el Nudo Mixteco, con alturas que van de 2 000 a 2 700 metros sobre el nivel del mar con pequeñas planicies y suelos pobres y erosionados. El clima de la región se clasifica como templado subhúmedo, con temperaturas medias anuales de 10 a 20°C y precipitaciones pluviales de 900 milímetros. Los ríos que cruzan el territorio son el Tequilita, Xiquila, Tepelmeme, Blanco y San Pedro, todos ellos con poco caudal. La población se surte del vital líquido en los ojos de agua y manantiales que abundan en la región.
La flora y la fauna son muy pobres. Dentro de la primera sobresalen las plantas propias de tierras áridas como mezquite, huizache, agaves, cactos, moreras, enebros, palmas, laureles y madroños; en cuanto a la fauna, comprende especies como conejo, liebre, tuza, tlacuache y algunos venados; abundan diversas variedades de víboras y alacranes.
Coixtlahuaca tuvo su mayor esplendor hacia mediados del siglo XV, época en la que acudían al mercado de ese lugar comerciantes de la Costa, del Golfo de México y del Altiplano Central, lo que indica la importancia que tuvo en ese tiempo. Alfonso Caso, al referirse a la región de Coixtlahuaca, sostiene que ésta era el hábitat de los chocholtecos o popolocas de Puebla.
Durante el siglo XVI, después de la Conquista, la población indígena disminuyó considerablemente debido a la hambruna, el trabajo excesivo a que fueron sometidos y las epidemias de viruela en 1520 y 1593, de sarampión en 1531, y tifo en 1576. La población chocholteca se vio afectada a tal grado que, en 1597, sólo quedaba la mitad de tributarios en los pueblos de Coixtlahuaca.
En el ámbito familiar, la organización incluye la participación de todos los miembros en las actividades productivas, desde los cinco o seis hasta los 80 años o más de edad. El compadrazgo juega un papel relevante en las relaciones de los chocholtecos.