Según los historiadores, cerca del año 300 d.C., chontales y mixes ocuparon terrenos de Villa Alta y Choapam. Los mixes expulsaron a los chontales y éstos se establecieron en la sierra del Aire, actual municipio de Santa María Ecatepec. Hacia 1374, el fundador de la nación chontal, el rey Alfane Leochine, entró en guerra con los zapotecos debido a su constante expansión territorial. En 1425, el rey Zaachila II envía un emisario al rey Abahsi Tlapique para acordar la paz con los chontales. Once años después se declara nuevamente la guerra y los zapotecos someten a los chontales. En un manuscrito hallado en 1930, pero que data del siglo XVII, quedó asentado que durante el reinado de Moctezuma I los chontales se dividieron en dos bandos: los aliados y los inconformes con la invasión zapoteca. Nuevamente expulsados, se trasladaron al territorio que ahora habitan.
La primera incursión española a la región la dirige Pedro de Alvarado, quien conquista Tututepec, y vence a mixtecos, chatinos y luego a los chontales. Durante la Colonia, la región queda bajo la administración de Nejapa. En 1570 una epidemia diezma a la población. Los chontales se sublevaban constantemente hasta que los frailes los pacifican definitivamente.
Posteriormente, los chontales prosperan debido al cultivo de la cochinilla y a la cercanía con el puerto de Huatulco. Más adelante, el Estado prohíbe la explotación de las salinas de Tehuantepec a los zapotecos del Istmo, a los huaves y a los chontales, que pierden una importante fuente de trabajo e ingresos.
Durante la guerra de Independencia algunos grupos de indígenas se unen a los insurrectos. En 1834 se levanta un grupo de zapotecos, huaves, zoques y chontales, comandado por Gregorio Meléndez; 15 años después, huaves y chontales se rebelan y reclaman la propiedad histórica de las salinas.