Al establecerse los jesuitas con sus misiones en Baja California, hacia el siglo XVII, los contactos entre los cochimíes y los españoles, que en principio habían sido esporádicos, se volvieron constantes. Ante la expulsión de los jesuitas por la corona española en 1768, fueron los monjes franciscanos los que continuaron su tarea, encabezados por fray Junípero Sierra. Sus continuadores fundaron la misión en el camino norte hacia Alta California.
El periodo misional produjo tal impacto sobre las poblaciones cochimí, que redujo enormemente sus posibilidades de sobrevivir, y con ello, de ver llegar los otros ciclos de contacto y colonización. Por una parte, los trabajos forzosos, el cambio de dieta y la imposición de una vida sedentaria y cautiva, mermaron la resistencia de este grupo. Así también, las epidemias desatadas por el colonizador hicieron desaparecer a la mayoría de la población nativa. Estas enfermedades fueron la tuberculosis, el tifo, el sarampión, la viruela y la sífilis, las cuales empezaron a presentarse entre los indígenas desde los primeros contactos con los españoles. La agresividad de estas enfermedades fue tal, que en los primeros veinte años de evangelización jesuita desaparecieron tres cuartas partes de la población indígena del sur y centro de Baja California.Luego llegaron los dominicanos quienes fundaron la misión en El Rosario en 1774. La actividad evangelizadora finalmente exterminó casi en su totalidad a los cochimí, de tal forma que cuando los misioneros dominicos arribaron a Baja California, los antiguos habitantes del Desierto Central estaban prácticamente extintos.
En la actualidad no existe un solo hablante de la lengua cochimí. No obstante, como se menciona anteriormente, a los habitantes tipai de la Huerta y San Antonio Nécua se les identifica –y ellos mismos se identifican– como indígenas pertenecientes a este grupo. A principios de la década de los noventa del siglo pasado, mucho tiempo después de que los misioneros y los científicos comprobaran la inexistencia técnica de los cochimí, un grupo de habitantes de la ex misión de Santa Gertrudis se presentó ante la oficina del antiguo Instituto Nacional Indigenista en Ensenada, para solicitar que se llevaran a cabo los trámites correspondientes para ser reconocidos como indígenas pertenecientes a este grupo. No obstante, ninguno de estos habitantes conocía el idioma nativo, pero se reconocía a sí mismos como cochimíes.