Desde antes de la conquista, la región que hoy circunda la ciudad de Motozintla, era habitada por una población dispersa, que mantenían sus propias formas de organización. Los kaqchikel tenían asentamientos en espacios que probablemente comprendían el corredor comercial de los aztecas con los mayas, que se internaban en tierras del actual territorio guatemalteco donde obtenían plumas de quetzal.
En la época colonial, en el siglo XVII se registró la desaparición de la mayor parte de los pueblos de la región de la Sierra, en lo que ahora son los municipios de Motozintla, Mazapa de Madero, Amatenango de la Frontera y algunos lugares de Guatemala como Tectitlán, debido a la propagación de epidemias, que afectaron la actividad económica.
En el siglo XVIII, la economía recobra su dinamismo y se vive una mayor intromisión por parte de los españoles en la vida de las comunidades indígenas, donde las instituciones coloniales influyeron en el deterioro de la cultura maya e incluso el abandono de sus lenguas.
Chiapas, que había sido parte del territorio de Guatemala, se integró a México en 1824, pero la línea fronteriza solo se definió más tarde con la firma de los tratados de límites de 1882 y 1894, que de alguna forma vino a afectar la dinámica de la población que ocupaba ambos lados de la frontera. En el territorio mexicano algunos grupos obtuvieron el reconocimiento de tierras en las que conformaron varios de los pueblos hoy conocidos.
En el periodo de gobierno de Victórico Grajales, se promovieron políticas asimilacionistas y de mexicanización especialmente en la zona de la frontera, donde se prohibía el uso de la lengua y el vestido indígena.
Un siglo más tarde, el conflicto armado en Guatemala, obligó a numerosa población indígena a abandonar su país, refugiándose en un inicio en el estado de Chiapas.