Antiguamente eran nómadas y estaban organizados en pequeñas bandas familiares que viajaban en ciclos estacionales, viviendo de la recolección, la caza y la pesca, aprovechando diversos ecosistemas en territorios específicos que compartían con otras bandas del mismo clan. Este modelo de subsistencia y organización social fue modificado en la medida en que los colonizadores, con la formación de misiones, pueblos y zonas agrícolas, se fueron apropiando de la mayor parte de su territorio, dejándoles sólo pequeñas áreas.
Históricamente el territorio ocupado por los kiliwas abarcaba la región costera que va desde la Bahía de San Felipe hasta un punto al sur de la Bahía de Ometepec, fracciones de las sierras Las Pintas, Juárez, San Miguel, Salvatierra y San Pedro Mártir, y los actuales valles de San Felipe y San Matías y parte del Valle de la Trinidad.
Fueron los únicos pobladores originarios de Baja California que nunca aceptaron someterse a las actividades de los misioneros. De tal forma que, ante las presiones de establecerlos en las diferentes misiones en sitios como San Pedro Mártir, Santa Catarina, y el Valle de Guadalupe, los indígenas kiliwa, pa ipai, kumiai y cucapá llevaron a cabo varios levantamientos de inconformidad. Estos problemas entre los misioneros y los naturales, continuaron hasta 1840, cuando un número considerable de indígenas, se unieron para destruir la estratégica Misión de Santa Catarina. Terminando así terminó una etapa conflictiva que duró 50 años.
En ese periodo, debido a problemas agrarios, migraron masivamente de Arroyo Grande a Arroyo de León ocasionando trastornos internos que propiciaron la dispersión de algunos de los integrantes del linaje Ochurte, por lo que algunos se integraron con los pa ipai de Santa Catarina y de la Sierra de San Miguel. No obstante, Arroyo de León se convirtió en el principal núcleo de población kiliwa.
Después de varios años de lucha, el último capitán kiliwa, Cruz Ochurte Espinoza logra la dotación ejidal en 1970, pero el problema no terminó ahí debido a que los terrenos cedidos son muy irregulares con lomeríos rocosos y agostadero de mala calidad, además de que, en la actualidad, hay un proceso de pérdida paulatina de sus tierras debido a que la mayoría de los kiliwa han cedido sus derechos agrarios a personas no indígenas, poniendo en riesgo sus tradiciones culturales ligadas a su comunidad.