La región mixe se encuentra al noreste del estado de Oaxaca enclavada en la serranía del Zempoaltépetl. Colinda al noroeste con los ex distritos de Villa Alta; al norte con Choapam y con el estado de Veracruz; al sur con Yautepec y al sureste con Juchitán y Tehuantepec. El territorio abarca una superficie total de 4 668.55 km2.
La topografía es accidentada, se pueden encontrar varios microclimas en un espacio geográfico reducido. La región ayuuk ha sido dividida en tres zonas climáticas: alta o fría, con altitudes superiores a los 1 800 m, media o templada, con alturas de 1 300 a 1 800 m, y baja o caliente que se localiza desde los 35 m hasta los 1 000 msnm.
La región tiene un total de 19 municipios: la zona alta está integrada por Tlahuitoltepec, Ayutla, Cacalotepec, Tepantlali, Tepuxtepec, Totontepec, Tamazulapam y Mixistlán; la zona media por Ocotepec, Atitlán, Alotepec, Juquila Mixes Camotlán, Zacatepec, Cotzocón, Ouetzaltepec, e lxcuintepec y la zona baja por Mazatlán y Guichicovi.
La mayor parte del territorio mixe es montañoso y selvático o boscoso, con excepción de las tierras bajas, donde los terrenos se aplanan y predomina la calurosa sabana. En la zona hay cerros de gran tamaño, arroyos, cascadas, ríos, bosques y selvas.
El área habitada por los mixes es rica en recursos forestales; abundan el ocote, roble y pino, y en menor escala, el cedro, caoba, fresno y ciprés.