Los pueblos nahuatlacas o aztecas, originarios de Aztlán-Teoculhuacán-Chicomostoc, se asentaron en la región de la Cuenca de México y los valles centrales circunvecinos. Estos pueblos fueron los tepaneca, xochimilca, cuitlahuaca, mixquica, acolhua; chalca, matlatzinca, couixca, mallinalca, tlalhuica, tlaxcalteca, huexotzinca y culhuacan. Los tlalhuicas y xochimilcas, también de ascendencia tolteca, se asentaron en el estado de Morelos, en el valle y el norte respectivamente. Mientras que los tlalhuicas conformaron los pueblos de Cuauhnáhuac, Huaxtepec, Yautepec, Tlaquiltenango y Acapichtlan; los xochimilcas formaron los pueblos de Tuchimilco, Tetela del Volcán, Tlalmimilulpan, Hueyapan, Tlacotepec, Jumiltepec, Zacualpa, Temoac, Totolapan, Tlayacapan y Tepoztlán.
Desde el siglo XIII los tlalhuicas y xochimilcas mantuvieron relaciones políticas. Entre 1345 y 1428, los mexicas estuvieron sujetos al gobierno tepaneca, al que prestaban servicios militares como tributo. La relación de Cuauhnáhuac con la Cuenca de México durante el predominio del imperio tepaneca, se caracterizó por las alianzas políticas mediante alianzas matrimoniales. Los mexicas dominaron política y económicamente Cuauhnáhuac de 1438 a 1519, periodo en el que se institucionalizó el pago de tributo, ya sea en productos o en servicios.
Los señoríos tributarios de los tlalhuicas, xochimilcas, chichimecas y toltecas conformaron varias “provincias”, las más importantes fueron Cuauhnáhuac y Huaxtepec.
Después de la Conquista todos los pueblos de Morelos quedaron comprendidos dentro del Marquesado del Valle de Oaxaca, otorgado por el rey a Cortés; la Alcaldía Mayor de Cuernavaca era su jurisdicción más importante. Durante este periodo Morelos siguió siendo un importante centro de población indígena, la cual fue despojada de sus tierras por los hacendados cañeros. En 1603 los indígenas fueron reacomodados y concentrados en congregaciones, desapareciendo así muchas comunidades pequeñas. Los principales asentamientos cañeros estuvieron en los valles de Cuernavaca, Cuautla y Yautepec.
Las haciendas azucareras requerían de fuertes inversiones por lo que, después de algún tiempo, se enfrentaron con serios problemas financieros. Además de la crisis y depresión azucarera sobrevinieron grandes cambios demográficos y en los patrones de asentamiento.A partir del siglo XVII se dio una fuerte migración del norte del estado a las zonas azucareras; esta tendencia disminuyó en 1690 debido a las epidemias y a la baja demanda de mano de obra, por lo cual muchos indígenas volvieron a la agricultura de subsistencia. En los siglos XVI y XVII el área de Cuautla sufrió una gran pérdida de población indígena, la cual se recuperó lentamente durante el siglo XVIII.A mediados del siglo XVIII los hacendados se habían apropiado de grandes terrenos. Con la Independencia se formalizó el proyecto capitalista anunciado por las haciendas; los indígenas ya no pagaban tributo ni pertenecían laboralmente a éstas. El aislamiento geográfico y la retención de sus tierras comunales contrarrestó la fuerte tendencia de desindianización presentada en el periodo independiente.
Durante el proceso de industrialización, las haciendas propiciaron la proletarización del campesino, con la consecuente modificación de las relaciones sociales y sus repercusiones en la fuerza de trabajo, además de acaparar las tierras. Tal situación gestó el movimiento revolucionario al mando de Emiliano Zapata; las formas de oposición asumidas por los zapatistas reflejaban fielmente las relaciones sociales internas campesinas y sus mecanismos culturales de cohesión. La reforma agraria mexicana iniciada en 1917 y reconocida por el Constituyente de Querétaro en el Artículo 27 planteó para los habitantes de esta región la disyuntiva de aceptar el reparto que hiciera el Caudillo del Sur o solicitar, legitimando así la política gubernamental, tierras por la vía de la dotación ejidal. El nuevo Estado revolucionario imponía el reconocimiento de sí mismo como el encargado de dotar de tierras, pero no aceptaba ni reconocía el despojo de terrenos realizado por los hacendados. En la década de los años veinte desaparecieron las grandes haciendas azucareras, al igual que los grandes latifundios para dar paso al ejido.