Se asientan principalmente en las sierras de Juárez y San Pedro Mártir, en el municipio de Ensenada, en las localidades Ejido 18 de Marzo, Misión Santo Domingo, El Sauzal, Héroes de la Independencia, El Rodeo, Santa Catarina, Valle de la Trinidad, El Pinacate, Rincón de Santa Catarina y Yokakiul; otros pequeños grupos de población pai-pai se localizaban en dos localidades del municipio de Tecate y en una de Tijuana.
El territorio tradicional pa-ipai se encuentra a una altura de poco más de 1000 metros En esa región el promedio de precipitación pluvial es de 38.1 centímetros al año, aunque en invierno se pueden experimentar tormentas acompañadas de bajas temperaturas y heladas que empiezan a amenazar desde septiembre.
La vegetación más común en estas latitudes son los matorrales de creosota, el enebro, la manzanita, la opuntia, los agaves y una gran variedad de plantas características de las tierras altas del desierto, que los indígenas identifican de la siguiente manera: álamo, sauz, tápiro, encino, pino piñonero, pino negro, mangle, guata, encinillo, islaya, chamizo prieto, morgoño, watamote, jojoba, valeriana, yerba de pasmo, yerba santa, chamizo, estafiate, yerba del manso, golondrina y verdologo. Las cactáceas reconocidas por los habitantes del territorio pa-ipai son la yuca o dátil, la biznaga, el nopal, el ocotillo, la pitahaya, el maguey o mezcal, entre otras. Los animales más comunes del área son la zorra, el coyote, el gato montés, los conejos, liebres y ratas, las ardillas, los venados y, aunque últimamente muy escaso, el león o puma, entre otros.