Según la tradición oral, los tojolabales proceden del área de los cuchumatanes, Guatemala, aunque no existe certeza al respecto. Desde temprana época, la fértil región comiteca atrajo el interés de los invasores españoles. Comitán se convirtió en el eje económico de la colonial provincia Los Llanos, frontera geográfica, militar y “civilizatoria”; a través de ella se llevaría a cabo el tejido comercial entre Guatemala y la Nueva España. La provincia contaba, además, con un mosaico étnico donde habitaban tojolabales, cabiles, tzeltales, tzotziles y totiques, además de ser lindero de mochós, lacandones, chujes, kanjobales, mames y jacaltecos.
Para fines del siglo XVII, Comitán no pasaba de ser un pueblo de importancia secundaria en la alcaldía mayor de Las Chiapas. Más tarde, con la baja demográfica de los tributarios y las acciones de la monarquía contra la encomienda, los civiles españoles asentados en Ciudad Real empezaron a interesarse en Comitán y su región, hasta entonces feudo dominico. Proliferaron las estancias ganaderas, los trapiches y las labores y, junto con ellos, las castas y el acrecentamiento del mestizaje biológico. Desde finales del siglo XVII convergieron en Comitán indios y castas, lo que propició la transformación de la comunidad indígena local. En el siglo XVIII las fincas se extendieron hacia Las Margaritas, la región oriental y menos poblada, a costa de las tierras de los indios. Para 1893, las autoridades locales chiapanecas remataban al “mejor postor” las antiguas posesiones comunales. Para entonces los indios, antiguos dueños de la tierra, se hallaban reducidos a peones acasillados en las fincas del entorno comiteco. Como “baldíos” debían trabajar jornadas de 12 horas en los trapiches de caña, en los sembradíos y en el transporte “a lomo” hasta San Cristóbal, Comitán y Soconusco de los productos de la hacienda. Las tiendas de raya, el cepo y el látigo eran el complemento de su condición.
Las primeras décadas del siglo XX en Chiapas fueron tiempos de enfrentamientos y sangre, siendo los hacendados quienes desde un inicio ganaron la batalla. En 1921 Obregón selló la paz con los hacendados chiapanecos garantizando sus derechos de propiedad. En 1931 se iniciaron los primeros escasos repartos de tierra, pero las relaciones de servidumbre no dejaron de ser el componente esencial de la agricultura chiapaneca.
Antes que completar el reparto de los latifundios, que hasta hoy día existen, los regímenes posrevolucionarios han preferido alentar un desarticulado programa de colonización en el área selvática, para aliviar la presión demográfica y social que agita al agro chiapaneco.