na expedición española llegó en 1527 a los Altos. Después de vencer a los chiapas, los expedicionarios sometieron a los cacicazgos tsotsil-tseltales. En 1528 se fundó Ciudad Real, hoy San Cristóbal de Las Casas, lugar de asiento en la región de los nuevos conquistadores.
El sistema colonial se estableció mediante la encomienda y la reducción. Los principales pueblos fueron dados en encomienda a los conquistadores. Al llegar Bartolomé de las Casas a Ciudad Real en 1541, se trató de concentrar a los tsotsil-tseltales en pueblos o reducciones. Los indígenas, reducidos y encomendados, pagaban tributo dos veces por año.
A mediados del siglo XVI, la corona empezó a limitar las encomiendas. Entonces los colonos españoles obtuvieron legalmente tierras a título personal dentro de las encomiendas y nacieron las haciendas. Éstas, herederas de la encomienda, se situaron frente a la comunidad, heredera de la reducción. Las reducciones fueron legalmente dotadas de tierras y se les permitió promover acciones de justicia y elegir a sus autoridades. A cambio, estas nuevas comunidades pagaban tributo al funcionario real y daban servicio al terrateniente. Entre 1867 y 1870 el culto a un ídolo nativo desató la llamada “Guerra de Castas” o rebelión de Cuzcat, que fue reprimida en 1870. Los vencidos cayeron en la servidumbre como “baldíos”. Se veían obligados a trabajar en el campo para el terrateniente, además de servir en su casa como semaneros a cambio de sembrar una parcela y de hacer uso de pastos y bosques de la hacienda.
En 1910, el régimen porfirista entró en crisis y los hacendados alteños se declararon a favor de Madero, en quien veían la posibilidad de resguardar sus intereses particulares. En 1914 Carranza envía un gobernador para controlar la región, por lo que los alteños se sublevan y forman un pequeño ejército insurrecto al mando de Alberto Pineda, finquero de Ocosingo. Al triunfo de la Revolución, Obregón pactó con los insurrectos de San Cristóbal. Pineda es nombrado general del Ejército y Tiburcio Fernández, otro jefe rebelde, asume la gubernatura de Chiapas.
En 1934 se creó el Departamento de Acción Social y Cultural y de Protección al Indígena para promover la organización de las poblaciones indígenas. En 1935, este departamento dio fin al enganche libre y reglamentó la contratación de indígenas por parte de finqueros y madereros.